細胞株嚴格的消毒滅菌對保證細胞培養的成功是極為重要的，其方法分為物理法和化學法兩類。前者包括干熱、濕熱、濾過、紫外線及射線等，后者主要指使用化學消毒劑等。

①熱滅菌：玻璃器皿，160~170℃，90~120min或180℃45~60min。

②蒸氣滅菌：用于玻璃器皿、濾器橡膠塞、解剖用具、耐熱塑料器具、受熱不變性的溶液等，不同物品其有效滅菌壓力和時間不同，如培養用液、橡膠制品、塑料器皿等用68kPa(115℃)高壓滅菌10min;布類、玻璃制品、金屬器械等用103kPa(121.3℃)高壓滅菌15~20min。

③濾過除菌：適于含有不耐熱成分的培養基和試劑的除菌，用孔徑為0.22μm微孔濾膜可除去細菌和霉菌等，用此濾膜過濾兩次，細胞株可使支原體達到某種程度的去除，但不能除去病毒。

④紫外線：紫外線的波長為200~300nm，zui強是在254 nm，6~15平方米zui少一只紫外燈，高度要在2.5m以下，濕度45%~60%，桿菌效果好，球菌次之，霉菌、酵母菌zui差，實驗前應不低于30分鐘的照射時間。

⑤熏蒸消毒：當遇有細胞培養出現多次污染，或實驗室兩個月一次的常規消毒，均可用高錳酸鉀5~7.5g，加甲醛(40%)10~15ml，混合放入一開放容器內，立即可見白色甲醛煙霧，消毒房間需封閉24小時，致少4小時以上。

⑥煮沸消毒：緊密情況時使用，金屬器械和膠蹇在水中煮20~30分鐘，趁熱傾去水分即可使用。

⑦化學消毒：化學藥品消毒滅菌法是應用能殺死微生物的化學制進行消毒滅菌的方法。實驗室桌面、用具及洗手用的溶液均常用化學藥品進行消毒殺菌。細胞株常用的有：2%煤酚皂溶液(來蘇爾)、0.25%新潔爾滅、3~5%甲醛溶液、75%酒精。